15 декабря 2010 года Федеральная антимонопольная служба (ФАС России) возбудила дело в отношении ФГУ «Федеральный медицинский биофизический центр им. А. И. Бурназяна» по признакам нарушения части 3 статьи 17 Федерального закона «О защите конкуренции».

Признаки нарушения ведомство усматривает в действиях ФГУ «ФМБЦ им. А.М. Бурназяна» выразившихся во включении в состав лота Открытого конкурса на право заключения государственного контракта на адаптацию, внедрение и передачу программного технического комплекса для автоматизации организационно-экономических процессов для ФГУ «ФМБЦ им. А.М. Бурназяна» товаров и работ, функционально не связанных с товарами и работами, поставка и выполнение которых являются предметом этого конкурса.